B站TCGA视频学习笔记

• B 站视频链接：https://www.bilibili.com/video/av49363776

1. 概述

• 和 TCGA 紧密相关的数据库
  • GTEx：正常人对照
  • CCLE：肿瘤细胞系对照
• 学习一个网页工具的使用：找到使用该工具的文章/官方教学视频

2. 网页工具

2.1. 思路

• 有感兴趣的基因用 Xena
• 想知道哪些基因可能重要用 firehose

2.2. UCSC Xena

• 局限性：只能看某几个基因
• 筛选功能
• 可以可视化看生存情况、两种数据的相关性等
• 可以通过 pan-cancer study 来看多种癌症
• 下载最新数据比 R 包方便

2.3. firehose

• 其数据可以作为 Xena 的补充
• 某种癌症的全部分析可视化
  1. homepage
  2. 
  3. 进入 iCoMut Beta for FireBrowse
• 某种癌症的全部分析结果
  1. homepage - 右侧选择一种癌症

  2. 进入 Analysis Overview

     
     
  3. 选择一种相关性的报告，即可找到该种相关性最显著的基因

3. 数据下载

• GDC
• firehose
• Xena
• 还有很多

4. 数据挖掘的思路

4.1. signature

• mRNA, miRNA, lncRNA, mRNA-lncRNA, miRNA-lncRNA, miRNA-mRNA, CpG, CNV, SNV, fusion events, alternative splicing
• 训练集、测试集
• 两个合在一起的signature是怎么做的？

4.2. WGCNA, LASSO, COX

• WGCNA，LASSO 的代码实现

4.3. ceRNA

5. 小知识

• R 中列出某目录下符合条件的文件：

list.files(
    path='...', # 在哪个目录下找
    pattern='*.xml$', # 正则
    recursive=T # 该目录下文件夹里的文件也在搜索范围内
)

友情宣传

• 全国巡讲全球听（买一得五），第二期 ，你的生物信息学入门课

• 生信技能树的2019年终总结 ，你的生物信息学成长宝藏

• 2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路