linux环境下的软件安装

conda--“linux的应用商店”

可以在conda下载安装软件；miniconda对于生信来说即可

下载miniconda

• 搜索miniconda清华镜像站
• uname -a查看服务器多少位
• 找到并复制linux对应的最新版本的链接
• 登录服务器进入biosoft目录cd ~/biosoft
• wget 鼠标右键点击一下粘贴刚才复制的内容在ubuntu中，鼠标左键是复制，右键是粘贴

安装和配置miniconda

• bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh回车跳过版本信息
  [yes|no]选yes，其余选enter
• 激活condasource ~/.bashrc
• 添加镜像

**来自生信星球**
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用miniconda，查看已安装的软件、搜索、安装、卸载 如：fastqc

• 查看当前所有软件列表conda list
• 搜索软件 conda search fastqc
• 安装软件conda install fastqc -y#加-y是自动安装
• proceed([y]/n)?是询问是否覆盖旧版本
• 卸载软件conda remove fastqc -y

定制conda的分身

• 查看当前conda有哪些环境conda info --envs
  

  

• 先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticconda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  

  

• 再次查看环境 conda info --envs
  

  

• 激活新的conda环境conda activate rna-seq默认的*就会转移到rna-seq前面,用户名root前面出现了(rna-seq)。