转录组入门一（mac版）：配置软件安装
2017-10-16 本文已影响382人
Thinkando
转录组入门一（mac版）
- 安装bioconda:
-
去官网下载和自己电脑系统一样的版本
image.png
- 下载完后，双击解压，然后cd 到文件目录，开始安装。
# 安装
bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
之后会要求看一个license，和安装环境路径，输入yes 就好。
- 激活
source .bash_profile
# 查看是否安装成功
conda
image.png
出现上图代表安装成功
- bioconda 是conda 上一个分发生物信息的频道，所以需要创建一些channels.
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
- 安装完channels后 需要更新miniconda
conda update conda
- 安装配置软件：
-sratoolkit
教程上用的Linux方法，mac会报错，建议使用以下方法。
方法一（别人可以，我的不行）：
conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1
方法二（亲测可行）：
ruby -e “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)”
brew install wget
brew tap homebrew/science
brew install sratoolkit
- 余下的安装很简单没报错
conda install fastqc
conda install hisat2
conda install samtools
conda install -c bioconda htseq
conda install r
conda install rstudio
