思维导图

DAY3 Linux环境下软件安装.png

知识点：

1. Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。miniconda主要负责生信领域。
2. Bioconda是专门从事生物信息学软件的CONDA包管理器的渠道。类似于一个生物软件的appstore。
3. GitHub是一个面向开源及私有软件项目的托管平台，因为只支持git 作为唯一的版本库格式进行托管，故名GitHub。
4. Conda, Anaconda, Miniconda，Bioconda 区别

1. 找到链接

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

1.png 找到最新版本：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh右键复制链接 image.png

安装最新版本

进入biosoft目录

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wget 刚才你复制的下载链接

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安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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遇到中途选择：点回车，yes

image.png image.png
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安装成功

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激活

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命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了

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添加镜像

#使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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开始使用conda

查看当前所有软件列表
conda list

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搜索软件
conda search fastqc

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安装软件 conda install fastqc -y (-y是自动安装)

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卸载软件 conda remove fastqc -y

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conda 环境:按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。

conda info --envs (前面带*的就是默认的)

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建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

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激活新的conda环境 conda activate rna-seq，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；

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输入一个软件名称，若后面出现帮助文档，表示软件可以使用

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