学习内容

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linux如何安装软件？

--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”
--第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。
--第三步，安装和配置miniconda
--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件，以fastqc为例。
--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

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conda

conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙。
miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域。

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准备工作：检查有没有bzip2

这是一个压缩软件(或者说命令),一般投产的服务器都有，但免费的阿里云并没有。
首先输入bzip2，检查有没有这个软件,
有的话会显示

没有的话，显示报错（这个报错的意思就是没有安装你输入名字的软件或命令):

既然没有，就输入yum install -y bzip2 安装

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如何下载miniconda

1. 百度/谷歌搜索“miniconda” https://conda.io/miniconda.html =》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接
   
2. 登陆服务器，进入biosoft目录
   (输入时可以试试自动补全功能--Tab键，在root目录下，打出cd b，按Tab就可以自动补齐。失败可以跳过。）
   cd biosoft**
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（刚才你复制的下载链接)
   -c 是断点续传
   请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴。
   sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

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怎么安装miniconda?

用bash运行这个安装用的脚本，脚本就是你刚才下载的东西。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一直enter,然后出现
霸王条款：Do you accept the license terms? [yes|no]
当然要yes

出现了路径的配置，如果你有想安装的路径就输入你自己的
【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安装完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；
如果不想自定义那就默认吧，敲Enter继续

等待安装结束后输入yes
看到这里说明安装成功
最后还得激活
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。

不成功将miniconda这个目录删除，rm -r miniconda 然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！注意可不要重新下载啊，浪费时间。

添加国内镜像—把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车

目的是：加快软件下载速度【因为conda是国外的软件管理器，不添加会自动默认从国外网站下载】，请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键!

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes

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开始使用conda

1. 查看当前所有软件列表 conda list
   
2. 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
3. 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别】
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y
   

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(选修)不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

首先理解一个叫做“conda 环境”的东西。

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 先查看当前conda有哪些环境
  conda info --envs (前面带*的就是默认的)

可以看到，我们目前就一个conda环境

• 比如我们要处理转录组数据了.
  先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  
• 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base。
• 我们该激活新的conda环境了
  source activate rna-seq ，
  这时默认的就会转移到rna-seq 前面；
  另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
  接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息*就说明可以使用了。 （其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给它跟上操作对象，所以它不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看。）
• 如何卸载一个环境中的软件
  卸载某个软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
  全部卸载，也就是卸载这个环境
  先停用source deactivate
conda remove -n rna-seq --all 或
  conda env remove -n rna-seq
  再输入y