HiC-bench

NYU-BFX/hic-bench: A set of pipelines for Hi-C and ChIP-Seq analysis. (github.com)
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HiC-bench的分析流程主要包括以下步骤：

1. 对原始fastq格式的计数数据进行对齐和过滤。
2. 使用10 kb分辨率进行迭代校正，以减少偏差并提高数据质量。
3. 对校正后的Hi-C数据进行归一化处理，以消除不同样本之间的技术变异。
4. 根据归一化后的Hi-C数据构建染色体互作矩阵，并使用不同的软件包（如Juicebox、HiCExplorer等）进行可视化和进一步分析。