Cytoscape可视化WGCNA结果
2022-11-14 本文已影响0人
队长的生物实验室
WGCNA模块结果可视化,运用到的是Cytoscape软件,具体如下:
准备文件:
1.WGCNA导出的node与edge文件;
2.从node和edge文件中注释关注的TF与结构基因(注释包括基因名称,是否为TF),并整理至新的表格(fromnode与tonode都包括);
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/4f6360cfcafab726.png)
4.选中TF,右键Select选中,自动呈现圆形;
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/ee1b4e5c6d7b1e62.png)
5.选中结构基因,操作同上;
6.选中其他基因,移动至圆形中央,即可完成初步图形。
自用颜色大小搭配:
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/cca290fda89699dc.png)
结构基因
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/2fc064d24675ce73.png)
其他基因
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/e332e9dfef1ec9b0.png)
Edge设置
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/c057185c24aa2360.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i25125421/318a1e5bae4ce358.png)
本篇仅作记录,配色可自行搭配。