脚本更新--低精度（visium、stereo-seq bin

作者，Evil Genius

劳动仲裁已提交，等待结果吧。

这让我想起了当初23年出事的时候有人攻击我，说我已经这么惨了居然还在更新文章，绝对是个骗子，那么现在这种情况下，估计还会有人这么说。

就像张雪峰这样的人，只是为了普通百姓的孩子有个好前程，也被某些人黑的够呛，现在也不敢像当初那样敢说大实话了。

可能还是接触的少，有些人的心为什么这么黑暗呢？这些人到底经历了什么？

今天我们更新脚本

低精度（visium、stereo-seq bin > 50）的细胞邻域分析

参考文章来自于王凌华的经典文献

分析方法如下

我们来解析一下分析步骤

第一步：单细胞空间联合，文章采用了RCTD。

第二步：将CAF推断占比超过0.37的spot定义为CAF富集中心spot（这个在分析中可能会调整）。

第三步：针对每个中心spot，选取其相邻的6个spot，共同构成CAF中心点的邻域区域。

第四步：计算这7个spot细胞类型组成的平均值，生成每个CAF中心邻域区域的等效邻域向量。

第五步：采用主成分分析（PCA）对spot×细胞类型组成矩阵进行因子分解。最终得到的spot×前5主成分矩阵用于Leiden聚类。

我们来实现一下，这里我们采用python脚本实现，单细胞空间联合采用cell2location，这里注意把cell2location联合后的结果均一化到0-1,用argparse进行封装，封装类脚本怎么写大家可以参考培训计划2025番外--linux、R、python培训