医学生物生信和...

读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助

2024-08-22  本文已影响0人  JSlideferriswhe

利用文章作者提供的count.txt.gz文件和metadata文件成功运行了第一步1.seurat,现在里面的文件是site里面有4种分组,我只想要tumor和normal,随后下载sample_info.csv文件,提取出分组列和批次效应列,单细胞测序数据质控后只得到after_qc_sc_list.rds,目前卡在3.多样本整合,无法确定meta.data中含有批次效应的列名和样本meta.data中的生物学效应分组列,而且我发现第一步1.seurat那里得到的metadata文件里面stage和virus列可以作为批次效应列,但是sample_info.csv文件里面没有这些信息

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