2. R包的安装

一、包和库的定义

R包 (package)：R函数、数据和预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。

                                                                                                       ——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材

库(library) :计算机上存储R包的目录称为库。

                                                                                                    ——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材

二、包的安装

R里面很多函数包含在包中，使用函数之前需要先安装和加载R包，这里总结三种安装R包的办法：

1. 通过快捷菜单+CRAN(镜像网站)安装或命令指定CRAN+install命令安装；

2. 通过将包下载到本地+install命令安装；

3. 通过Biocuductor库安装 (包含很多分析芯片数据的包，部分生物上的包需要在此下载)；

                                                                                                     ——整理自网络和一些自学视频

1.1 通过快捷键安装：打开R→点击“程序包”→点击“安装程序包”→选择镜像网址即可(随便选个中国的)→确定→选择需要安装的包→确定；

1.2 通过快捷键安装：打开R→输入以下命令(关于命令的一些说明：R中区分大小写；#为注释符，#之后的内容在R中不会运行，所以#常常用来注释说明；R中输入命令的地方叫控制台，>为命令提示符，在>之后输入命令;英文状态下输入命令、符号等)：

options(CRAN="http://cran.r-project.org") #指定镜像网站

install.packages("ggplots") #安装ggplot包

2. 通过将拓展包下载到本地+install命令安装(该过程未展示)

另外，如果安装R自带的常见包，可直接使用install.packages命令：打开R→输入命令install.packages(“包名”)→选择镜像网址即可；

(该图仅为举例，这里请不要安装ggplot包)

3. 通过Biocuductor库安装:打开R→输入以下命令；

source(“https://bioconductor.org/bioLite.R”) #指定包来源于bioconductor库

biocLite(“limma”) #安装limma包，limma包是用于芯片数据分析的常用包

此外，R软件版本原因，以及还有一些包需要特殊下载，如GEOquery包(命令见下)，不能使用上述的方法，建议百度！！！关于包的查看和加载、删除等命令不单独赘述，以后使用时见注释辨别。

if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GEOquery")