一个不一样的NCBI下载方法
之前在twitter上看见一个老哥开发了一个网站 sra-explorer，大致意思就是能够解析你输入的SRA号，比如说GSEXXX，SRPXXX，SRRXXX等（就是文章最后面附上的数据地址），但只是收藏了一直没当回事，毕竟我一直用 prefetch + fasterq-dump ，而且我下别人的数据也不太多。但今天突然需要下载一些别人的数据，但我又懒得再去翻我的关于NCBI数据下载和解压缩的cheatsheet ：），于是我就想起了这个网站。用了下发现特别香。
这个网站的基本组成就是这样的，你只需要输入SRA号，其就会自动解析对应的数据集，然后你只要勾选加入到购物栏，然后再换一批数据，再勾选，再加入。到你完全挑选完你的数据之后，点下右上方的购物栏，就可以转到另一个界面
Fig.1
这个界面就自动帮你列出了你的下载代码，我这里是用了现成的Bash script，然后在curl -L的每行代码后面加了个 & 来并行下载所有的fq.gz文件。
Fig.2
至于这个速度，我感觉1G的数据差不多10分钟之内就搞定了。虽然这个看起来不是很快，但是这是直接得到fq.gz文件，非常的方便。而不是像prefetch + fasterq-dump ，你得先得到SRR文件，然后再用fasterq-dump来拆解。
顺便吐槽下，我永远记不住 prefetch和fasterq-dump 的命令。而且prefetch这货还会把文件下载到一个特定位置，哪怕你已经设置了下载路径。
当然，prefetch + fast(er)q-dump 只要你会配置，还是很方便的。但人类的本质不就是懒么……
顺便提下这个网站的原理，因为实际上，你除了用prefetch SRR下载数据之外，NCBI还允许你直接去 ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ 这里面直接下载fastq文件，这个网站就是利用你输入的数据库ID，贴心地帮我们找到了对应的fq地址。
参考文章
