R语言入门

基础：显示工作路径getwd（）
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?read.table

向量

向量vs标量

元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

image.png

从向量中提取元素

根据元素位置

x[4]#x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

根据值

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

注：将示例数据放在工作目录下
X<-read.csv('doudou.txt')

读取本地数据

read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)
a<-read.table(file="huahua.txt",sep="\t",header=T)

设置行名和列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框导出

write.table(X,file = "xiaobai.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

变量保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

提取元素

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

直接使用数据框中的变量

提取两列作散点图

options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
plot(a$case,a$values)

attach

将数据框名添加到搜索环境中：attach（a）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。

attach(a)
plot(case,values)

做完后将a删除出搜索环境 detach（a）

局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

with

with(a,{
 plot(case,values)
x<<-summary(values)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x

脚本的使用与保存：
将上面的代码复制（手打更好）到一个新的R脚本中。然后保存到工作目录下，要用的时候直接找到他，用Rstudio打开就好。

save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
没有定义X，定义X后重新键入命令。