这才是完美的生物信息软件安装方式

安装生物信息软件一直是困扰很多人的一个问题，现在有了bioconda，可以方便的安装很多生物信息软件，但是bioconda也有一定的缺陷，首先就是链接速度太慢，而且由于python的多个版本，很多时候目录会弄的特别乱，我理想中的安装生物信息的方法，应该是像App Store安装应用一样就好了，而Ubuntu系统的Synaptic工具就可以完成这个作用，目前里面已经集成了很多生物软件，而且，它比App Store历史要悠久。

Synaptic介绍

新立得（Synaptic）是Debian和Ubuntu Linux操作系统的包管理工具apt的图形化前端。它结合了图形界面的简单操作和 apt-get 命令行工具的强大功能。您可以使用新立得安装、删除、配置、升级软件包，对软件包列表进行浏览、排序、搜索以及管理软件仓库或者升级整个系统。您可以进行一些系列操作形成操作队列，并一起执行它们。新立得会提示您可能的依赖关系（您所选择的软件包所需的额外软件包）以及您所选择的软件包与系统中已经安装了的软件包的冲突。

http://www.nongnu.org/synaptic/

Synaptic使用

1、软件安装，目前Synaptic只能安装在Debian系统，以前系统集成，现在需要单独安装。

aptinstall -y synaptic#安装新立得

2、启动ubuntu菜单，搜索Synaptic，或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。

3、软件左侧是分类类目，可以首先选择软件类目，缩小范围，在从中选择需要的内容，也可以直接进行搜索。

4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源，可以额外添加，如果有一个专用的生物软件源，像bioconda一样，就太方便了。

5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件，选中安装即可，可以自动安装依赖，像App Store安装App一样方便。

6、可以从中找到bwa，blast，blat，bcftools，bedtools，bowite2，phylip，clustalW，NCBI系列，samtools，seqtk等等，总之非常非常多，选中安装即可，非常方便。

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