RStudio 中的 R Markdown
备份自：http://blog.rainy.im/2015/05/16/rmarkdown-in-rstudio/
RStudio 是 R 语言的一款开源的 GUI 软件，可以让“用不起Matlab只好用R”的用户体验到很像 Matlab 一样的开发环境，包括变量的显示、package 的基本操作、帮助文档等一系列图形界面。RStudio 另一个隐藏功能是可以当做 Markdown 编辑器来用（R Markdown），可以根据数据处理结果快速生成报告文档，这一功能主要通过 Package Knit 及相关组件完成。R Markdown 的两大特别之处，一是通过 Pandoc 将 Markdown 转化成 LaTex，再由强大的 LaTex 转换成 HTML、PDF、Word，理论上来说借助 LaTex 可以生成学术论文、期刊杂志、数据报告等规范格式的文档；另一大特点是整合了 R 语言的环境，可以在 Markdown 语法中 code block 直接执行 R 语言代码并将结果插入文档。
安装 package rmarkdown
可以通过 RStudio 中的新建按钮创建 R Markdown 文件，此时可能提示安装 rmarkdown 包：
install.packages(rmarkdown)
创建文档可以选择文档标题、作者以及将要输出的文档格式等，这些也可以在之后更改：
New R Markdown info
第一次按 Kint PDF（或 Kint HTML）时可能出现错误：
Knit PDF : pandoc document conversion failed with error 43
可以通过安装 github 上最新的版本解决：
install.packages("devtools") # 如果以前没有安装 devtools 包
devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")
第二个问题当是文档中有中文的情况，可能提示：
! Package inputenc Error: Unicode char \u8:年 not set up for use with LaTeX.
Try running pandoc with --latex-engine=xelatex.
如果有中文，LaTex 引擎需要选择为 xelatex，可以通过下图的方式进行更改：
R Markdown xelatex
或者直接在文档头信息中加入：
output:
pdf_document:
latex_engine: xelatex
这样就可以正常输出为 PDF 文档了，但是会发现所有的中文全部都是空白，这个主要是 LaTex 的配置问题，中文需要中文字体来渲染，可以通过在文件头中引入 LaTex 文件进行配置：
outputs:
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
latex_engine: xelatex
其中 header.tex 可以是：
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{楷体} % 字体可以更换
\setmainfont{Georgia} % 設定英文字型
\setromanfont{Georgia} % 字型
\setmonofont{Courier New}
更多详细配置可以参考官方文档。
在 code block 中选择展示 R 语言执行结果
具体使用方式见下图：
rmarkdown cheat sheet
# {r, comment='# >', collapse=TRUE}
a <- 1
typeof(a);mode(a);class(a)
输出结果为：
a <- 1
typeof(a);mode(a);class(a)
# > [1] "double"
# > [1] "numeric"
# > [1] "numeric"
甚至可以直接生成图像并插入文档（当然结果这里是看不到了，可以在生成的 PDF 或 HTML 中看到绘图结果）：
x <- seq(from = -5, to = 5, by = 0.01)
y <- dnorm(x)
plot(x, y)
本文内容在 R Markdown 中生成的 PDF 部分效果如下：
Rmarkdown output PDF
RMarkdown plot
参考：
