学习小组Day5笔记--马小林

1、新手指南

（1）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（2）表格在R语言中改名叫数据框
（3）函数或者命令不明白时，可选择：①网站搜索②用?read.table调出对应的帮助文档，翻到example了解。
（4）数据类型有五种：向量（vector）矩阵（Matrix）数组（Array）数据框（Data frame）List，其中最重要的是向量和数据框

2、向量

基本概念

元素：数字或者字符串（使用字符串时必须要加引号）
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

几种赋值方法

赋值向量（最常用）

x<- c(1,3,4)

赋值一连串数字

x<- 1:20#赋值的为一连串的整数

赋值按间隔选取数字

x<- seq(1,10,by = 2)#1到10之间，每隔2取一次数

赋值多组重复数值

x<- req(1:4,times =4)#取1到4的整数，重复取四次

从向量中提取元素

有两种思路：（1）根据位置（2）根据大小
（1）根据位置

x[2]#取x中第二个元素
x[-3]#除了第三个之外的元素
x[1:6]#取x中第一到第六的元素
x[-(1:6)]#除了第一到第六之外的元素
x[c(1,3)]#取第一和第三个元素

（2）根据大小

x[x == 4]#等于4的元素
x[x > 3]#大于3的元素
x[x %in% c(1,4,7)]#在向量c(1,4,7)中的元素

2、数据框

读取本地数据

read.table()相关参数https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2012/06/06/2538274.html
read.csv()则是专门读取csv格式文件的命令

a<- read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header = T)#sep = "\t"设置分隔符为空白符，如空格，制表符，换行符；header分为T或者F，反映第一行是否有变量名

设置行名和列名

X<-read.csv("doudou.txt")
colnames(X)#查看列名
rownames(X)#查看行名
colnames(X)[1]#指定修改第一列第一格的内容，因为测序公司很多会让左上角第一格为空，R会自动补为x，这样可以修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#quote意思是指定包围字符型数据的字符,F表明字符串不加双引号，字符型数据是指不具有计算能力的数据

变量保存及加载

保存格式是RData

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="bioinfoplanet_1.RData")#保存其中一个变量
load("bioinfoplanet_1.RData")#加载命令

提取元素

X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#只能指定提取一列

使用数据框中的变量

提取其中两列做散点图

基础版（A、C为列名）

options(stringsAsFactors = T)
a <-data.frame(A=paste0("S",1:9),C=runif(9))
plot(a$A,a$C)

升级版1：attach

将数据框名添加到搜索环境中：attach(a)

attach(a)
plot(A,C)

将数据框从搜索环境中删除：detach(a)
缺点：在将两个及以上的数据框加入搜索环境时，如果列名有冲突会报错

升级版2：with

with(a,{  
 plot(A,C)
x<<-summary(C)   #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x

with()的意思是取a这个数据框中的数据

3、脚本的使用和保存

在RStudio中，左上角的界面为脚本窗口，可以复制所需要的代码后保存，脚本的后缀是R。

问题

save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？

答

说明不存在这个变量，应该检查变量名是否书写错误，或者变量是否已经被误删等。

4、思维导图

DAY-5.png