VISTA:人和小鼠的增强子数据库

2019-07-30 本文已影响20人生信修炼手册

欢迎关注”生信修炼手册”!

VISTA结合比较基因组学，chip_seq等数据分析手段和实验方法，来识别人和小鼠中的增强子，该数据库的网址如下

http://enhancer.lbl.gov/

在最初的研究中发现，在人和小鼠等物种中，在物种间保守的序列中有一半的区域都包含增强子序列，所以通过比较基因组学的手段识别物种间保守的基因组序列，对于增强子分析有一定的参考意义；同时采用EP300蛋白的chip_seq结果，也可以识别到很多的增强子区域。

通过结合以上两种生物信息学分析手段，首先识别到候选的增强子序列，然后通过转基因小鼠试验，通过实验手段验证增强子的增强活性。

利用首页的检索功能，可以查看该数据库中的记录，示意如下

可以通过染色体区间进行检索，也可以通过基因名称等其他方式，检索结果示意如下

给出了增强子在数据库中的编号，在基因组上的位置，包含的基因等信息，右侧的小鼠图标表示增强子体外实验的信息，蓝色代表通过实验手段证实了该增强子的增强活性，而白色代表体外实验没有发现该增强子的增强活性，点击第一列的编号可以查看详细信息。

同时考虑到增强子的组织特异性，通过组织切片技术研究在不同组织中增强子的表达情况，提供了以下组织的相关信息

通过Advance Search, 可以根据增强子在不同组织中的表达信息进行筛选，示意如下

通过VISTA数据库，可以方便的检索人和小鼠的增强子信息。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！