ape包01：介绍
2017-11-17 本文已影响29人
quan575
ape全称Analyses of Phylogenetics and Evolution，主要用于系统进化树分析，包含读写各种格式的Tree及可视化，读取fasta，计算序列的距离，转换氨基酸序列构建居于距离的树。这是一个很全面的包，包含400多个函数。使用library(help = ape)查看 更多用法。
可以访问官网：http://ape-package.ird.fr/
下面是两种树图的示例
require(ape)
## Loading required package: ape
phy <- rtree(n=20) #n 生成20个tips的树
plot(phy)
image.png
plot(phy,type="fan")
image.png
后面将学习各个函数的使用
