Samtools, bedtools, UCSC tools安装

Samtools的安装参考此链接 https://www.jianshu.com/p/6b7a442d293f 有大佬真好呀！

下载我是按照图片中的路径下载后上传的 http://samtools.sourceforge.net/ 

大佬让下载的软件们

这个链接有好多东西，木有关系，坚定地选择Samtools就好啦，samtools 1.10

samtool 1.10下载页面

安装步骤解释一哈，就是简单的三部曲：

./configure → make → make install

步骤如第一个链接中所示，这里解释一下过程。 ./configure 的作用是查看系统的环境中是否有该软件运行所需要的全部软件，对于服务器来讲的话，如果不指定目录它所查询的是总服务器下某个目录的运行环境，则将来运行安装命令就会安装到那个目录下，这样就会报错，因为普通账户是没有权限在那里安装的。因此在此命令后要接 --prefix <安装路径> 自定目录，这样后面安装就都是在此目录下进行的了。

make 是软件安装的筑巢部分，将该目录下还缺的环境准备齐全了

make install 即安装。 可以省去第一步 ./configure , 但制定目录 --prefix 不能省，可以放在make 后面，也可以放在install后面。

添加到环境变量，可以仿照下面的bedtools的部分添加bin到~/.bashrc 中。

Bedtools的链接，图上的有点“见外”，我可以用这个 https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/tag/v2.29.0

后面的就看这里的了 https://www.jianshu.com/p/8eb9c8fd454b 大佬，请收下我的膝盖

这个安装简单呀，直接进入解压目录，一个 make 搞定，他的bin目录下有好多程序嘞，这是所谓的subcommands吧。

Bedtools的bin目录下的程序

同样，将该bin目录的路径写到~/.bashrc中

vim ~/.bashrc

键入 i , 进入INSERT模式，写入路径

写入bedtools的bin路径

键入 Esc , 进入编辑模式，再键入 Shift+: 进入命令模式，输入字母 x ,点回车键保存并退出，更新.bashrc文件

source ~/.bashrc

这样，就可以随心所欲啦！！！

可以在这里查看bedtools的英文教程tutorial  https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/

UCSC tools的下载安装有点不同，图上的链接是这个 http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ 点开linux版本的链接，有这样一段介绍：

UCSC的下载方式

看的似懂非懂？谷歌是这样翻译的

UCSCtools原来如此简单

查了下rsync的用途，https://www.cnblogs.com/kelamoyujuzhen/p/10089454.html ，看来这是用了rsync来做远程传输了，嗦嘎！于是，在biosoft目录下我输入了

rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64.v369/ ./

结果，遭殃了，nm，这么多！这个目录瞬间被毁了呀！

被淹没的biosoft/目录

wt，咋卸载呀! HaHa，MobaXterm有图形界面的。。。于是乎在biosoft目录下又建了个新目录重新传输。

rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ # 这个好像更新一些

IGV (integrative genomics viewer)是比较常用的本地基因组浏览软件，链接 http://software.broadinstitute.org/software/igv/

IGB(Integrated genome browser)是比较常用的本地基因组浏览软件。但是它们使用了两种不同方法给序列编号，初次使用很容易被它们之间的编号错位所迷惑。解决方法就见度娘吧 https://jingyan.baidu.com/article/f54ae2fc092dc91e92b849cb.html

到了这里，我发现不是所有的软件都要装到服务器上，有一些看起来是在自家电脑上完成的，而且这个IGV还有网页版，不需要下载。

有用的话记得点赞吖吖吖吖，嘿嘿。