NOVOPlasty是一个小型环状基因组的软件，这意味着这个软件可以组装线粒体基因组和叶绿体基因组。这个软件是一个perl的脚本，直接就可以运行，软件需要一个seed序列，我一般会放一个CO1的序列，让它在这片段的基础上延伸。

运行命令

perl ~/software/NOVOPlasty/NOVOPlasty-master/NOVOPlasty4.3.1.pl -c config_CO1.txt

这里需要一个config的配置文件
以下是作者给的例子

Project:
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Project name          = Test
Type                  = mito
Genome Range          = 12000-22000
K-mer                 = 33
Max memory            = 
Extended log          = 0
Save assembled reads  = no
Seed Input            = /path/to/seed_file/Seed.fasta
Extend seed directly  = no
Reference sequence    = /path/to/reference_file/reference.fasta (optional)
Variance detection    = 
Chloroplast sequence  = /path/to/chloroplast_file/chloroplast.fasta (only for "mito_plant" option)

Dataset 1:
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Read Length           = 151
Insert size           = 300
Platform              = illumina
Single/Paired         = PE
Combined reads        = 
Forward reads         = /path/to/reads/reads_1.fastq
Reverse reads         = /path/to/reads/reads_2.fastq
Store Hash            =

Heteroplasmy:
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MAF                   = 
HP exclude list       = 
PCR-free              = 
Optional:
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Insert size auto      = yes
Use Quality Scores    = no
Output path           = 

这里边需要我们根据测序返回的结果更改read length, Insert size, platform and Single/ Paired选项。

注意点

• 这个软件不能识别压缩文件，也就是说不支持gz格式的reads，我觉得这点不够人性化。
• 绝对不需要trim 或者quality 你的reads，输入最原始的raw reads就好了，只需要去掉测序的接头，不过这个测序公司一般给你去掉了的。
• 为了软件组装的精确性，还可以放一个reference sequence，就是已经发布的转录组的fasta文件，选择近缘种的，当然如果不放也是可以组装的
• k-mer 的默认值是33， 作者说可以按照reads的长度进行适当调整，低于90bp就减少，高于101bp就增加，看了挺多前人上传的config，都是选用了39的参数，我的raw reads是150bp，最后组装出来和33的区别不大
• 最后请检查这个软件的结果文件，还是有挺多的gap区域的，尤其尤其是在D loop的区域，我碰到这种问题一般会多用几个软件，然后各自的组装结果align以下，补齐gap的区域。

祝大家组装顺顺利利！

Reference：

https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty
http://blog.sciencenet.cn/blog-3433349-1243777.html