计算PCA和FEL

平衡轨迹
all.trr: 25000-50000 50-100ns
不要隔帧取

1. 先用

set A [atomselect top " ((((chain B or chain C or chain A or chain D) and (resid>=15 and resid<=295)) or chain E or chain F ) and name CA) or (nucleic and name P) "]
$A get index 

选择蛋白质的alpha碳，和核酸的磷。把PCA用到的index得到，保存为PCA.ind

2. 然后用

./catdcd -o PCA.dcd -i PCA.ind -first 25000 -last 50000 Cas1-Cas2-dualforked-DNA-nonwater.dcd 

-o是输出，-i是输入
得到PCA用到的dcd

3. 用vmd把PCA.dcd转换为PCA.trr

gmx covar -s PCA.pdb -f PCA.trr -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpm cov.xpm -xpma covapic.xpm 

gmx anaeig -f PCA.trr -s PCA.pdb -v eigenvectors.trr -first 1 -last 2 -2d 2d.xvg -extr extreme.pdb -proj proj.xvg

[index1,pc1_type1,pc2_type1] = textread('2d.xvg','%d%f%f');
plot(index1*2/1000+17,pc1_type1,'k-')
figure
plot(index1*2/1000+17,pc2_type1,'b-')