Infernal对RNA进行注释
2020-09-24 本文已影响0人
斩毛毛
Infernal是一款用于注释RNA的软件,可以根据Rfam对RNA进行注释。
安装
可以选择Infernal下载进行安装
或者使用conda
conda install infernal=1.1.3
使用
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下载Rfam数据库
地址:ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam
可以下载最新的,本次下载是14.1/Rfam.cm.gz,并减压缩
gunzip Rfam.cm.gz
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建库
cmpress Rfam.cm
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检索
cmscan --tblout test.out -E 1e-5 -o test.result Rfam.cm config.fa