【生信】cutadapt①基本使用方法

cutadapt能够查找并去除接头（adapter），测序引物（primer），poly-A tail，能多种方法裁剪reads中不想要的序列。

本文全部参考cutadapt的官方教程和原始文章DOI:10.14806/ej.17.1.200。

cutadapt学习进阶：
①基本使用方法
②接头种类汇总
③双端测序数据处理
④多接头处理

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cutadapt最基本用法

已知测序数据3'接头，给定测序文件，直接使用如下脚本：

cutadapt -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq  (推荐)  
or  
cutadapt -a AACCGGTT input.fastq >  output.fastq

usage:
cutadapt 【参数】 输入文件

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参数：
-a 指定接头序列
-o 指定输出文件。如果未指定，则输出到标准输出。

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输入或输出文件格式：

• fasta文件指定后缀：.fasta，.fa，.fna
• fastq文件指定后缀：.fastq，.fq
• 或以上任意后缀 + 压缩格式（.gz，.bz2，.xz），cutadapt会自动解压或压缩

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p.s. 处理标准输入文件

cutadapt不仅可以从输入文件中读取序列，还可以处理标准输入的序列。
程序写法如下，使用-表示使用标准输入。

cat input.fastq | cutadapt -a AACCGGTT - > output.fastq

p.s. 查找3'接头

如果使用别人数据时未查到3'接头，可以参考minion自动鉴定3'adaptor。

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“贤者以其昭昭使人昭昭，今以其昏昏使人昭昭。” --《孟子·尽心下》