conda

conda 即等于Linux的AppStore
miniconda是annconda的精简版
在清华的镜像得到下载链接

下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #sh是脚本后缀

安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

激活

source ~/.bashrc
使用conda命令确认已经成功安装

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

查看所有软件

conda list

查找软件

conda search fastqc

自动安装软件

conda install fastqc -y

卸载软件

conda remove fastqc -y

查看conda环境

conda info --envs

配置环境

建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活新环境

conda activate rna-seq

image.png

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