【NTP】亚型预测神器

基于gene expression signature的亚型预测的主要目标：捕获每个样品中这些基因的表达模式是否存在，而不是概括signature gene expressions复杂组合模式。
因此就有大神针对这个需求，开发了NTP算法。

概述

NTP：NearestTemplatePrediction，最近模板预测。这个翻译比较生硬，置于专业翻译是什么，感兴趣的小伙伴请自行查找。

NTP使用预先定义的标记基因，对目标样本进行亚型预测，并返回每个样本预测的显著性p值。

优点：仅使用marker genes和表达矩阵就可对样本亚型进行预测，并给出预测的置信度。

PMID: 21124904

signature：与其他cluster相比，每个cluster中过表达基因的串联。并删除在多个cluster中明显过度表达的基因。

实现

目前推荐实现的方式是GenePattern的NTP模块，下面来阅读下具体的说明书：

输入文件：

• .gct 格式的基因表达矩阵
• tab分割符的txt格式文件
  最后将整理好的数据上传到GenePattern即可。

参考链接：

1.Nearest Template Prediction: A Single-Sample-Based Flexible Class Prediction with Confidence Assessment

2.GenePattern