Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件

写在前面

前天，在学位论文的完善中，有两个疑似ERF成员始终令我困扰。
植物转录因子中有个超家族AP2，包括两个亚家族，一个也叫AP2，另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结构域，后者则只含有一个AP2结构域。但这句话，并不全面。在很多物种中，AP2大家族往往还包括了极少数只含有一个AP2结构域但又不是ERF亚家族的成员。对于这些成员，唯一的操作是建进化树，随后定分支。
那么到底这些成员跟AP2亚家族或者ERF亚家族成员有什么区别？
MEME suite做motif分析，当然能看得出区别。但这个区别是否存在特定的功能，这个只能通过结构域来知晓。
我试了常用的pfam和NCBI CDD，无法得到有用的答案。无意之下，想起了SMART。

这个网站，我研一研二（五六年前）的时候就知道也用过了。可以说，这是我认为最为全面的序列特征预测软件。

SMART 的使用困惑

SMART 确实是最强的，但是在使用时，却相对麻烦。整个网站的整体运行逻辑，我个人猜想是：

1. 收到用户提交的ID或者序列
2. 查看后台是否保存了对应的ID和序列
3. 如果保存了，那么就直接返回保存的结果，无需重复计算
4. 如果没找到可用结果，那么就预测，然后再返回

具体这个网站有两种运行模式：

1. Single模式，支持输入ID，输入序列
2. Batch模式，也支持输入ID和输入序列

其中，Single模式支持没找到结果就预测并返回。而Batch模式，则只支持数据库中已收录结果的返回。换句话说，如果你输入的序列集合来自于数据库未收录的物种，那么你得不到结果。或者这么说，只有你使用的序列或者ID正好是数据库已经收录了的，你才会得到结果。
存在少数两三个公众号，没搞清楚就推文说能批量，估计到现在他们都不知道被打脸~~毕竟，只要能忽悠新手，就达到他们的要求 。
然而，我并不是一个喜欢做信息推广的，相反，我更喜欢提供解决方案。既然我发现SMART确实可以找到不同，那么手上一百多个序列，我一个一个提交是不可能的。于是，我又写了一个功能 ，即 Batch SMART

Batch SMART 的使用

多年前，我曾经在 TBtools 中实现了插件模式。后来由于JDK的不断变化，我发现并不稳定，一直没开放。但伴随着 TBtools 用户的增加，不同的用户有不同的需求，确实没必要一直让所有人每次更新 TBtools 软件。于是，在之前更新【即更新搜索框功能】的同时，TBtools的插件模式已经释放。
本次开放的 Batch SMART ，即 TBtools 的第一个插件。对于安装，比较简单。

打开 TBtools 【建议右键图标，以管理员身份运行 - 主要考虑到用户写入权限的问题】

点击安装插件菜单

选择获得的插件包

点击 Open 即可完成安装

安装完成，即可打开

具体的使用更为简单，

1. 设置蛋白序列集合
2. 设置输出的序列特征文件路径

注意，点击Start之后 ，就等在进度条加载。一般一个序列要至少15s。由于 SMART 提供的是网站计算服务，如果排队，那么等待时间就更长。我提交了100多个序列，大体半个小时。【注：好东西不怕等】

SMART 做序列特征预测的优势

先看一张 pfam 的。

可以发现，非常干净。当然，如果用NCBI CDD，那么得到的结果比 pfam 全面一点。然而一般。
再看看 SMART 的结果

注意看右上角，如果图片往下走，于是得到结果

写在最后

Emmm... 没有太多想说的。感兴趣的朋友，就到QQ使用交流群下载插件吧【相信，任何人都是秒下】。

具体，记得先更新到 TBtools 的最新版本。以后可能更多功能以插件的方式来释放。这样也免得软件更新麻烦。