Date: 2019-05-13
Mood: 一家人庐山周末游回来，心情不错~

官网链接： Disease Ontology

DO主页.png

PMC链接：DO

官网玩耍记录：

设计的很简单明了，如上图所示，可以自由检索，可以按navigate栏导航浏览。
下图是一个DO的说明情况，里面包含了这个DO属于哪种类型，相关的链接，包括wiki的、MeSH的...按图中所示的visualize键可以看该DO与其父、子类的关系图。

eg.png
关系图说明：红色的为你研究的DO，is_a是不是和GO之前见过的很像? 绿色表示该类型存在父节点或子节点，可点击扩展；灰色表示叶节点，黄色的圆圈数字代表存在几个父节点或子节点，没有详细列出。
visualize.png
当然，这个DO也像GO一样提供obo下载的。

用DOSE和ClusterProfiler包做DO 富集分析

参考资料:
DOSE Manual
R之DOSE

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite('pathview')
biocLite('Rgraphviz')
biocLite('clusterProfiler')
biocLite('org.Hs.eg.db')
biocLite('DOSE')
library('DOSE')

# data get and ID convert
data(geneList, package="DOSE")
gene <- names(geneList)[abs(geneList) >2 ]
gene.df <- bitr(gene,fromType = 'ENTREZID',toType = c('ENSEMBL','SYMBOL'),OrgDb = org.Hs.eg.db)

# enrichDO analysis
yy <- enrichDO(gene=gene,
                        ont='DO',pvalue=0.05,
                        universe = names(geneList),
                        minGSSize =5,
                        readable = FALSE)

# setReadable for converting entrez ID to symbols
x <- setReadable(yy, 'org.Hs.eg.db')
head(summary(x))

# visualize
barplot(yy)
dotplot(yy)
cnetplot(yy,categorySize="pvalue",foldChange = geneList)

最后一条命令可以出关系图，如下，蜘蛛网biubiu

cnetplot.png