ipath3是一款交互式 Pathway 分析可视化工具，它总结了生物系统中的各种代谢通路，节点表示各种生化分子，线表示生化反应。前面已经发布了两个版本，现在已经更新到第三个版本，提供了更多方便的工具，以及更全面的通路图。

Ipath3现有4个大类型的通路图谱：

1. 代谢图，包含生物系统中整体代谢。
2. 次级代谢产物图，参与次级代谢物生物合成途径的综合。
3. 抗生素，包含各种抗生素生物合成过程。
4. 微生物代谢，包含各种环境中的微生物代谢。

Ipath可以用于宏基因组或其他微生物代谢分析中，如这篇文献(PMID:29198031 )中使用Ipath找到了微囊藻的代谢参与了的生物途径，如：碳水化合物，氨基酸，能量，脂质代谢等途径的主要途径，并且将其可视化。

Ipath使用方法如下，打开Ipath官网(https://pathways.embl.de)，点击左上角选择要操作的代谢图。

然后在右边的控制面板输入要分析的数据，Ipath支持如下数据的ID，包括通路、模块、化合物、蛋白、酶等ID：

其要求的输入数据格式如下，第一列是ID，第二列是颜色，第三列是透明度，第四列是宽度/半径，那下图第一行的意思就是ID为C00001的元素将被展示为#0000ff(紫色)，宽为20px，半透明(透明度0.5)。

将上面数据输入并提交，结果已在途中标出，这个分子参与糖酵解/糖异生（Glycolysis/Gluconeogenesis）通路，并且点击后可以看到其详细信息并连接到KEGG数据库。` ：

导入示例文件：

结果如下：

ipath3还支持在线制作动画，只需要将保存任务名称，并将每次的任务添加到时间线设置间隔时间即可。

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