R语言入门_R和Rstudio安装与使用
主要围绕以下几方面学习
- R和Rstudio的简介
- R和Rstudio的下载及安装
- Rstudio新建Rproject和R脚本以及简单使用
- R语言几类命令响应
R和Rstudio
对于初学者入门R语言，首先简单了解R与Rstudio，以及成功下载和安装R和Rstudio，在Rstudio界面里进行简单的代码运行，后续慢慢拓展。
1.简介：
什么是R
什么是Rstudio
1.1什么是R
R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能（R语言是一种软件，函数方便处理数据）。
R的官网：https://www.r-project.org/
优点：R环境结合了
- 开源，可扩展的环境
开源即免费，大家可以做一些开发，如生存分析和富集分析。
- 简单有效的编程语言
简单就是相对于其它编程语言，不是专门给程序员用的，是面向普通用户。
- 数据处理、清洗和存储
实现的作用，把数据搞整齐，清理为把数据规范化
- 统计和可视化
为R语言的两大功能。统计即数据整理，可视化即画图
1.2 什么是Rstudio
R语言的集成开发环境
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集成开发环境：更好用的界面
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图形界面化
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优秀的学习工具
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科研用途免费
-
开源
2.R和Rstudio的下载与安装
2.1 下载R和Rstudio
2.2 安装R和Rstudio
2.1 下载R和Rstudio
2.1.1 R的下载链接：
- 第一种下载方式：
根据自己使用的电脑版本，搜索，然后到官网下载
下载地址：
https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
- 第二种下载方式：
点击链接进入官网，选与自己电脑匹配的版本下载
2.1.2 Rstudio的下载链接
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
- 第一步：选择free的版本下载
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download
- 第二步：选择和自己的电脑匹配的版本
下载的软件一定要适合自己使用的电脑系统，不然安装会发生错误。
1.2 安装R和Rstudio
必须先安装R之后，再安装Rstudio，R是Rstudio的基础，两者都安装在C盘（windows电脑）。在安装过程中，弹出选项为默认，即安装过程中不要做任何更改，鼠标傻瓜式地点点就可以。
一般使用Rtudio，很少用R，因为Rtudio为图形界面，比R的功能多。两者的界面如下：
3.Rstudio新建Rproject和R脚本以及简单使用
3.1 如何在Rstudio新建Rproject
3.2 新建脚本
3.3 Rstudio界面的介绍
3.4 Rstudio界面的字体和背景设置
3.5 与R“交互”
3.6 脚本的运行方式
3.7 注释
3.8 保存
3.9 正确打开Rproj和R脚本
在新开始一个项目学习或是新开始一个数据处理时，每次从项目里的Rproject去打开Rstudio这次才是正确的打开方式
3.1 在Rstudio中新建项目Rproject
- 步骤：
File---New Project---NewDirectory---New Project---Directory name--- Create Project
注意：命名时不要写特殊字符。
保存文件的位置也称路径，路径表示某一个文件或是文件夹在电脑里的哪个位置，不点击Browse，表示默认放在某一位置，想换存放位置就点击Browse自行选择。
3.2 新建脚本
脚本：存放代码的文件，代码是和R语言交流且符合一定的规则。
3.3 Rstudio界面介绍
3.4 Rstudio界面-字号与背景设置
其它设置慢慢探索：
如代码里每对括号颜色一致，容易查看。
3.5 与R“交互”
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用户---发送命令（代码）
-
R--执行并返回结果
-
交互式回话（session），session就是窗口的意思
发送的命令要正确，讲规则。
与R“交互”的两种方式：
第一种交互方式：控制台窗口
出现>才可以写代码，运行命令会且会显示每个命令结果，可以直接在控制台中键入命令，但是session关闭时会清空。
函数后面都是带括号的，如sqrt()，abs()，log2()，log10()，只要不认识的函数就在控制台输入：?函数名，如?sqrt**，在帮助文档里显示说明和示例代码，可以复制示例代码放在脚本编辑器里一句句运行理解。
在控制台写代码，如雁过不留痕，运行的代码不保存，只是在history里面有，代码不可重复利用。
第二种交互方式：脚本编辑器
记录我们所做过的一切，让代码和工作流程具有可重复性。
3.6 脚本的运行方式
3.6.1 逐行运行
光标放在一行的任意位置，单击Run，光标会自动跑到下一行。
3.6.2 选中运行：
可以选几行或是全部代码，点击脚本编辑器右上角的Run运行代码，
- 快捷键：
windows电脑：按control和enter键，
mac电脑：按command和return键。
3.7 注释
-
使用
#为脚本添加注释（说明或是解释的文字）。让自己和其他协作者了解代码的用途 -
R自动忽略
#右侧的任何内容
3.8 保存脚本
- 保存+命名（.R结尾）
注意：保存命名时不要以数字开头，尽量不要写汉字。后缀是自动加上去的，以后看到.R为后缀的文件是R语言里的脚本文件。
默认的保存位置：工作目录。
工作目录：脚本、数据、图片的默认保存位置，也是文件读取的默认位置。
重要的说明：
新建Rproject的时候，除了生成Day1_studyR.Rproj入口文件，同时新建了一个同名Day1_studyR的文件夹。
以正确的入口进入项目的时候，以后脚本里产生的一切衍生物，都会保存在正确的地方，即在入口所在的Day1_studyR文件夹（工作目录）里。如果从不正确的入口进，脚本满天飞，有时候找不到脚本，所以一定要从正确的入口进来。
除了脚本文件，以后运行代码生成的图片和数据也保存在工作目录下。默认的保存位置，也是文件读取的位置，称为工作目录。换句话说，要是把外部文件读入到R语言里，首先要从电脑上找到工作目录，并且把要读取的文件放在工作目录下，目录就是文件夹。
3.9 正确打开Rproj和脚本
-
新建的Day1_studyR.Rproj以及文件夹，脚本文件是可以搬运的，以后打开Day1_studyR.Rproj直接双击就可以，或是通过file打开，不要双击一个脚本，双击能打开脚本，但是没有从正确入口进，生成的文件满天飞。
-
切记：不要双击打开一个脚本，要双击打开一个Rproj，打开Rproj后从右下角看到脚本，点击打开就可以
4.R语言几类命令响应
输出结果
报错：Error
警告：Warning
命令没反应或是命令正在运行
加载和安装R包时出现的提示信息
4.1 输出结果
命令运行结果，图片。
4.2 报错：Error
抓住关键词，在Error后面的提示信息，错在哪里，会清楚地告知错在哪里，不会直接告诉解决办法。根据Error后的提示信息解决报错。
检查命令，检查环境（文件是否放对地方），修正后重新运行。
4.3 警告：Warning
忽略，后面如有报错或意外结果再检查。
出现Error再管，如出现意外的结果，比如该出图或是文件，但是打开图片是空的或是文件是空的，再返回检查。
4.4 “没反应”
出现>，表示上一句命令已运行完成。
R语言唯一报错的信息提示就是出现Error
来自生信技能树小洁老师的课件图
4.5 命令正在运行
终止（点击红色键）或等待。
4.6 命令不完整
补全命令或是按ESC键退出，本来是该出>，却出现+，有时候是括号不成对。
getwd()查看工作目录在哪里，这个括号里没有东西，函数后面必须跟着括号，有些函数的括号可以没有内容，但必须有括号。
4.7 出现提示信息
没有关键词（Error或是Warning），说明没有关键词，说明它不关键。检查是否有Error，没有就可以忽略。
加载R包经常出现的提示。
4.8 进一步选择
遇到R语言问问题，从它提供的答案里挑一个，不回答就一直问，后面的代码无法运行
安装R包是出现：all/some/none? [a/s/n]:
问依赖的包是否需要更新，a为全部，s为部分，n为否定，都不要。
安装R包时经常出现的提示。
输入a/s/n其中的一个，按回车
来自生信技能树小洁老师的课件图
注意：出现Error根据提示信息去解决，其它情况可以忽略。
说明
以上内容是听生信技能树小洁老师的R语言线上课，根据自己的理解记录下来，小洁老师授课非常细心，对不同水平的同学都照顾到，并且补充很多技巧以及注意事项。
认真听课，如果时间允许，回放课程，认真跟着课程操作，Rstudio用得很顺利。
