用vmd将gromacs轨迹转换为动画

1 压缩gromacs的trr轨迹文件

#因为trr格式的轨迹文件包含轨迹 坐标x, 速度v和力f的信息(二进制, 全精度, 可移植)，因此占用内存较大。我们把trr格式轨迹压缩成只含坐标x信息的xtc格式可大大减少内存。

gmx trjconv -f md_0_1.trr -s md_0_1.tpr -o md_0_1.xtc -pbc nojump -ur compact -center

两次选择 0

2 导入轨迹文件至VMD

打开window下的VMD软件，打开命令行面板（VMD|Extensions|TK Console)将轨迹.pro文件和轨迹.xtc文件导入

首先要切换工作路径（工作路径中不能出现中文和空格，斜杠为双斜杠\\或者反斜杠/）

cd E:\\molecular_docking\\gromacs_chainCD_2

vmd md_0_1.gro md_0_1.xtc

3 调整轨迹显示方式

A：去掉坐标系 VMD|Display|Axes|off

B：将背景改为白色 VMD|Graphics|Colors|Display|Background|8white

C：改变图形的展示方式 VMD|Graphics|Representations

 Coloring Method选项——选择着色的方式  我们这里选择ResType(残基类型）

 Drawing Method选项——选择结构呈现的方式  我们这里选择Ribbon

 Graphics|Representations|Trajectory 面板中调节Trajectory Smoothing Windows Sizes 可以调节残基运动快慢 我们这里设置为15

D：VMD|Display light0 light1 light2 light3选项可以调节结构显示的亮度

E：VMD|Display|Rendermode|GLSL

4 对齐轨迹中的蛋白分子

A: 选VMD|mouse|move|molecule，可以移动分子，然后按住shift拖动分子调整分子与坐标轴的相对朝向，以使得绕着坐标轴的某个轴转动时可以把感兴趣的区域显示出来。B: VMD|extension|analysis|RMSD trajectory tool，直接点Align，这样后续的帧中的结构就都向着最初帧的分子朝向对齐了

最终调节出来的样子：

5 制作movie

A：在空间充足的盘中新建一个文件夹用来存放之后制作动画的截图

B：打开制作动画的操作面板（VMD|Extensions|Visualization|Movie Maker）

Movie settings选择Trajectory

Format选择MPEG-1或者AVI

setting working directory 选定你要存放截图的目录

 C：点击Make Movie即可,在指定的目录下产生许多*.bmp文件

#VMD是将视频一帧一桢形成图片格式输出，然后再在另一个软件VideoMach中组成动画，因此图片就是做动画的来源，既然图片选择snapshot（快照），那也就是说必须将动画置于窗口，而不能最小化，否则相当于无法截屏。窗口大小则决定了截图的大小

6 利用VideoMach制作动画

A： 打开VideoMach软件

B：导入之前保存的截图 （File|Open Media Files）

选择之前保存截图的路径——选择第一帧图像 *.00001.bmp——“open entire sequence starting with the image”打开这个路径下一系列的文件

C：保存动画file|save as选择保存路径和保存格式，格式一般选择wmv和AVI。

参考：

科研笔记4：如何用VMD将轨迹文件制作动画  <http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html> 

使用VMD制作Movie    <https://wenku.baidu.com/view/c51f753b192e45361066f557.html> 

制作VMD动画（中文版）/Pymol 动画

<http://kangsgo.com/239.html>