从根本上说，MethylC-Seq技术实际上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的优化版本。或者谈不上优化，个人理解是两者面向的需要处理的基因组大小不太一样。

BS-Seq

实验原理：以重亚硫酸盐处理基因组 DNA，发生甲基化的胞嘧啶不变，而未甲基化的 胞嘧啶会变成尿嘧啶，经过 PCR 扩增，原本的 C/G 就变成 T/A，可以通过测序区分。

该方法检测精确，分辨率最高，但耗时耗力，通量有限。

如下图所述，该方法需要提前设计引物，而这一步骤容易导致bias（例如，引物未与尾端结合而结合到需进行扩增和测序的片段内）

缺点

实验目的：一般以下情况可以用此方法：精细定量检测目标区段的 DNA 甲基化情况； 结合高通量测序检测全基因组 DNA 甲基化情况。

MethyIC-Seq

优点1、该方法无需多次设计引物，直接利用cytosine-methylated universal adapter，因而消除了bias的可能性

优点 另一些优点

优点2、研究人员利用MethyIC-Seq发现了传统bisulfite-PCR未发现的现象，如non-CG methylation【这可能是由于MethyIC-Seq的引物均为甲基化的C而传统的引物包含部分A/T等？？】

优点3、可适用于大容量的测序任务

MethyIC-Seq与BS-Seq的另外一些关系

可能是BS-Seq引物多的好处？

本文章参考文献

MethylC-seq library preparation for base-resolution whole-genome bisulfite sequencing

Mark A Urich1, Joseph R Nery1, Ryan Lister2, Robert J Schmitz3 & Joseph R Ecker1,4

Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning

【或许之后我们会谈谈CG、CHG、CHH的问题】