MAKER生成的gff中包含match_part等

gff

我在做基因注释的时候，MAKER最后生成的gff文件里第三列有的显示的是match_part

经搜索https://www.biostars.org/p/455794/后得知，来自 SNAP 的 match / match_part 是 MAKER 尚未处理的纯SNAP预测。MAKER 将根据设置的参数从中制作基因模型。例如，如果 keep_preds 选项设置为 0，则 MAKER 将选择与可用的外部证据（蛋白质/转录比对）一致的基因模型。在这种情况下，如果没有提供任何外在证据，那么 MAKER 将不会选择/创建任何基因模型。

要获得仅包含基因模型的 gff，可以使用：.gff3_merge -d <data store index> -n -g

http://yandell-lab.org/pipermail/maker-devel_yandell-lab.org/2012-December/000464.html

从这里得知，match/match_parts是AED分数小于0.5的模型（AED 衡量注释与支持它的证据的拟合优度。AED 是一个介于 0 和 1 之间的数字，0 表示与现有证据完全一致，1 表示对注释基因模型的支持缺乏/不存在）

或者删除gff文件中不必要的部分：

grep -Pv "\tmatch_part\t" SC.Rad52.gff | grep -Pv "\tprotein_match\t" | grep -Pv "\texpressed_sequence_match\t" | grep -Pv "\tmatch\t" | grep -Pv "\tcontig\t" > polished.gff