《学习小组Day3笔记--逐日鲁班》

今日学习的内容总的来说就是软件的安装与使用，这个软件就像我们平时用的apple store一样，先安装conda,然后在里面寻找软件，安装命令就不赘述了，和教程一样，安装linux 下的包就行了

主要概括几个安装命令

1. 激活conda

source ~/.bashrc

2. 选择源

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.查看软件列表

conda list

4.安装软件 卸载软件 安装指定版本

conda install fastqc -y
conda remove fastqc -y
conda install conda install fastqc=0.11.7 -y

5.conda 环境理解，即各自的圈子，需要配置不同的类型

conda info --envs  #环境查看
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立python3 安装环境下名为rna-seq的环境
conda activate rna-seq #激活rna-seq环境变量，更改默认环境为rna-seq 输入文件名，提示文档，为安装成功；默认base,可以退出然后激活指定
conda deactivate rna-seq #退出conda

Tips:

1.conda update conda #更新conda
2.conda update --all #更新all
3.source activate+环境名 #激活环境
4.conda remove -n 环境名 或者all # 移除环境
5.conda remove 环境名 package_name#移除包