snp数据计算PCA

用GCTA计算PCA特别郁闷，总是到最后一步报错：不能处理多个grm文件，还好plink计算没出问题。

cd ../../Users/apple/Documents/work

./vcftools --vcf combine.filter.vcf --plink --out test  生成两个后缀文件test.ped、test.map

./plink --noweb --file test --make-bed --out test  3个后缀文件test.bed、test.bim 、test.fam

./plink --bfile test --pca 5 --out pca__map    前五个主成分

然后就生成了特征值和特征向量。

有的时候会报错：Could not open temporary file.

搜了一些资料，找到了解决办法./plink --noweb --tfile test --make-bed --out test