R、R包的下载和安装
R和Rstudio的下载与安装
大家都知道R语言很重要，可以帮我们统计、绘图，干各种各样的事情。
什么是R？R是一种统计绘图语言，也指实现该语言的软件。
想了解R的起源，可以去看这篇文献：
R: A Language for Data Analysis and Graphics.
说一千道一万，不如放手干一遍
学R先安装再说，R是一个开源的软件，是免费的，安装还是比较方便的。
下面是下载R的官网：
https://www.r-project.org/
点击左侧一栏的Download下面的SCAN，选择一个下载镜像
安装的时候各选项默认，语言建议选英语，不只是可以锻炼英语，也能避免用汉语出现的一些不兼容的情况，还有一个好处就是报错的时候提示信息为英语，可以直接粘贴复制这段报错信息去百度解决办法，因为大多数用户都选择英文，提供的解决方案也是针对英文的报错信息。
建议同时安装Rstudio。Rstudio是R的图形界面，可以让R语言代码更直观、明了地运行。
如果你还没明白Rstudio是啥，按下面说的做就行：先下载安装R，再下载安装Rstudio，每次使用时，不用打开R， 直接打开Rstudio就可以。
RStudio is a set of integrated tools designedto help you be more productive with R. It includes a console,syntax-highlighting editor that supports direct code execution, and a varietyof robust tools for plotting, viewing history, debugging and managing yourworkspace.
Rstudio同样是免费开源的，下载地址为：
https://rstudio.com/products/rstudio/download/#download
Rstudio的工作界面
下面是Rstudio的工作界面，共分为四个区。
A程序代码编辑区
B程序运行及结果区
C工作空间。代码运行记录区
D绘图、程序包、R帮助区
我们一般在A区编辑命令行，然后将鼠标光标移动到想要运行的命令行那一行，点击右上角的run，命令行就会在B区运行并输出结果，如果是作图的命令，会在C区出现图。举个例子，我们在A区输入命令1+1，点击run，在B区运行命令行1+1，并输出结果2
有的命令我们今后可能还会用到，因此我们希望将它们保存，下次不用再输入，可以直接运行。换言之，我们在A区所输入的所有命令行就是一个脚本文件，我们希望保存这个文件，那么我们点击工具栏左侧File下拉菜单中的save，就可以把这个脚本文件保存到指定的路径下。同样的，如果我们想在Rstudio中运行一个脚本文件的命令行，我们可以点击工具栏File下拉菜单中的open file，打开指定的脚本文件。
R中的安装包
个人觉得R之所以方便是因为有很多可以直接使用的函数和包。我们也经常听别人说用哪个函数可以做什么，用哪个R包可以做什么。
那什么是函数呢？不太好说，举个栗子吧：
我们常见的统计函数，比如求平均值，在R里就运行函数mean()，而不需要写计算式
> #求3、4、5的平均值
> mean(3,5,4)
那是什么是R包（packages）？R程序包是函数的集合，个人理解就是别人写好的包，实现很多复杂的功能只需要一个简单的函数命令。比如进行群落生态学分析常用的vegan包。
所有能使用的R函数都包含在一个库（library）中，该库放在磁盘的R_HOME/library目录下，（R_HOME是最初安装R 的地址）。这个目录下含有各种功能的包。base包是R 的核心，它包含了R语言中很多最近本的函数。无需载入base包，我们就可以使用它下面的函数。
除了上面提到的base包，使用各种R包中函数的前提是你首先安装并载入了它。
那么怎么安装R包呢？输入简单的命令行就可以实现。
命令行可以直接在B区输入。R默认的命令提示符为“>”它表示正在等待输入命令。
也可以运行A区编辑好的的命令行（把鼠标光标移到想要运行的命令行后面，点击该区右上角的run）。
所有的命令都要在英文输入法下输入。
> #安装R包
> install.packages("package name")
> #载入包
> library(package name)
> #更新包
> update.packages(package name)
这种安装方式必须在有网的时候才能实现。
除了输入代码命令，在上方的工具栏Tools下有Install Packages，也可以进行包的安装。
注意：脚本中#后面的内容不会被运行，一般是自己的备注，说明这一步要干什么。
实例：
> #安装并导入"vegan"包
> install.packages("vegan")
> library(vegan)
有的时候运行完library(package name)后会出现警告信息（warning messages），一般是因为导入包不成功。我们要学会读这些警告信息，找出问题的所在。有的时候是因为导入这个包需要先载入别的包，有的时候是因为R的版本低。我们就可以安装最新的版本。
怎么查看自己的R的版本呢？通过下面的命令：
> R.Version()
有没有不需要去网站下载，直接更新R版本的方法呢？
> install.packages("installr")
> library(installr)
> updateR()
运行这个命令，然后根据对话框提示选择就可以。
我们看到updateR()这个函数也是要先安装载入installr包才能使用的。这也再次展示了包和函数的关系。
对小白来说，我们对很多函数和R包的功能都不熟悉，这个时候我们可以运行：
> ？packagename/functionname
或者
> help(packagename/functionname)
在D区就会出现详细的介绍，包括descriptions,details, authors和examples。运行这个命令的前提是我们已经载入了该包或者函数所在的包
实例：
> #查看vegan包的信息
> ?vegan
> help(vegan)
> #查看函数mean()的信息
> ?mean
> help(mean)
