GEPIA做相关性分析

网址：http://gepia.cancer-pku.cn/

首页界面如下，目前已经有更新版GEPIA2（点击右侧test可以进入）

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GEPIA数据库的主要功能

1. 单基因分析，差异分析，与肿瘤分期的相关性，生存分析和相似基因。

2. 肿瘤类型分析，包括筛选与肿瘤关系、影响生存最密切的基因。

3. 多基因分析，包括基因表达的相关性和降维分析等。

GEPIA最基础的分析是差异分析，这与其他数据库基本一致。

既可以展示某基因在所有肿瘤的表达情况（个人不喜欢散点图，极丑，所以没有展示），柱状图展示，清晰明了，但是没有p值。

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也可以具体展示，输入基因名称，选择要分析的肿瘤，点击plot即可。

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得出柱状图，此时差异分析是有差异展示情况的。以ERBB2在乳腺癌中的表达分析为例，最终得出结果。至于生存分析，个人建议还是首选km plotter，因此不做详细展示。

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GEPIA另外一个比较有特色的功能是基因表达的相关性分析。我们以乳腺癌中ERBB2和EGFR表达的相关性分析为例展示。

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点击plot。

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对于分析基因与热点分子，如免疫检查点分子的相关性，便利而强大。

此外，基因表达与肿瘤分期的相关性分析也是GEPIA数据库的特色，在生信论文里面很常见。比如某基因家族与肾癌分期的相关性分析。如下图。

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