种群基因组学笔记

一、SNP分析内容（包括但不局限）：
①call SNP的软件——freebayes；
②计算全部SNP数量；
③平均多少核苷酸包含一个SNP；
④计算全基因组转换/颠换率。

二、物种之间做群体遗传分析时，Fst没有意义。
可以在做分化较大的群体或者物种间的选择信号时考虑CLR（全称：composite likelihood ratio，意即复合似然比检验），其主要用来探测群体内的选择信号，探测的原理是SFS。
软件：SweedFinder2、SweeD（假阳性低）
然后计算每个物种的选择性位点占基因组的比例，有多少个重叠的基因注释，最后看几个物种交集或特有的基因，去做富集。
参考：
1、群体遗传|基于自然选择的CLR分析 (qq.com)
2、【群体内选择信号】SweeD--CLR选择 - 知乎 (zhihu.com)
3、SweeD exercise - Evolution and Genomics (evomics.org)