BSA,重测序完整篇

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BSA综述2016年发表
0.批量转移文件的方法
find ./bwa -name '*2447-20*'|xargs -i mv {} ./bwa/first-2447
把bwa目录的所有文件名包含2447-20的文件全部转移到./bwa/first-2447文件夹中。

流程图

BSA分析流程图

一般流程

1. 第一部分内容是从测序数据下机数据到变异的SNP检出
   GATK4的使用

2.BSA分析
SHORE-map分析法
SHORE-MAP安装
QTL-seq法
Annovar 软件注释流程介绍
玉米基因组下载

3. shore-map使用

SHOREmap convert --marker 119-8.vcf --folder path/to/folder -runid int

SHOREmap extract --chrsizes chromsize.txt --folder ../SHOREmap_analysis --marker 11_converted_variant.txt --consen 11_converted_consen.txt -verbose

SHOREmap backcross --chrsizes chromsize.txt --marker ../convert/11_converted_variant.txt --consen extracted_consensus_0.txt --folder ../BC_analysis -plot-bc --marker-score 40 --marker-freq 0.0 --min-converage 10 --max-coverage 80 -bg ../convert/12_converted_variant.txt  --bg-cov 1 --bg-freq 0.0 --bg-score 1 -non-EMS --cluster 1 --marker-hit 1 -verbose

SHOREmap annotate --chrsizes chromsize.txt --folder ../BC_analysis/ann --snp ../convert/11_converted_variant.txt --chrom 2 --start 1 --end 4000000 --genome ../../TAIR10_chr_all.fas --gff ../../TAIR10_GFF3_genes.gff