awk 提取
2022-02-07 本文已影响0人
夏大希
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awk 'FNR==NR{a[$1];next}($1 in a){print}' spikelet_GWAS_snp.txt 4.end.exonic_variant_function.txt > sort.exonic.get_annotation_snp.txt
今日分析遇到的问题
GWAS结果合并很多SNP，想在注释文件中提取某些SNP的注释信息，本来想用R分析，奈何小麦的注释文件最后达到12G，会卡爆我的电脑。就搜索，出来grep 的用法，我的正则表达式用的并不熟练。 想到之前用的awk用法，直接搜awk 提取index ；
总共看了三个教程
👢[linux]根据一串ID批量提取另外一个文件的指定行 - 简书 (jianshu.com)
awk处理两个文件示例 - 简书 (jianshu.com)
(15条消息) Shell awk两个文件的对比 NR和FRN_weixin_34195546的博客-CSDN博客
第一个有些代码自己看不懂
直接用的第二个代码
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