Monocle2: plot_genes_branched_he

2024-01-11  本文已影响0人  LET149

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绘制含有分支的基因沿拟时间表达的热图

此函数在绘制后会返回绘制热图所用的数据,包括各个branch独立的数据,以及行列的聚类数据

1. 各个branch的数据提取

kk <- plot_genes_branched_heatmap()
kk$BranchA_exprs

2. 提取行聚类信息

kk <- plot_genes_branched_heatmap(num_clusters=3, return_heatmap=T)
pp <- cutree(kk$ph$tree_row, k=3)

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