DAP-seq

1、DAP-seq

在基因组水平上，鉴定转录因子的结合位点（transcription factor binding sites, TFBS）非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依赖于抗体质量，这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以，ChIP-seq通常在规模上受到限制，难以进行高通量扩展。因此，只有少数转录因子可以获得结合位点信息，大量TFBS的覆盖范围仅适用于人类和一些模式生物。

DAP-seq（DNA affinity purification sequencing (DAP-seq)）具有与ChIP-seq同样的功能。

DAP-seq通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组DNA文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。

2、DAP-seq和ChIP-seq的特点比较

3、DAP-seq技术流程

组织材料：基因组DNA提取--->gDNA片段化--->DAP library----|

转录因子：构建蛋白表达载体--->体外蛋白表达--------------------|

文库蛋白结合--->亲和纯化--->结合文库洗脱--->终文库扩增--->上机测序--->数据分析

图1 DAP-seq 流程图。(a)将基因组DNA剪切成约200bp的片段，并将illumina测序适配器连接到修复后的末端，构建适配器连接DNA文库。(b)融合到Halo亲和标签的转录因子(TF) ORF克隆在体外表达，并与配体偶联珠结合，而非特异性蛋白被冲走。(c)将haltag - TF融合蛋白与适配器连接的基因组DNA库孵育，将未结合的DNA片段冲洗掉。样品被加热以释放TF结合的DNA，回收的DNA被PCR扩增以附加索引测序引物。索引DNA样本随后合并并选择大小，以去除残余的适配器二聚体。使用下一代测序技术对纯化的DNA文库进行测序，并分析由此产生的全基因组结合事件。图中显示的峰值是在综合基因组学查看器上看到的玉米DAP-seq峰值。     

4、DAP-seq相关技术

1. 凝胶阻滞实验（EMSA）：DAP-seq后续验证。

2. 酵母单杂交：DAP-seq后续验证。

3. ChIP-seq：高效检测重组蛋白、转录因子在基因组的结合位点。

4. DAP-seq与RNA-seq联合分析： 分析转录因子的靶基因在RNA-seq数据中的表达变化，深入挖掘DAP-seq和RNA-seq测序数据，增加转录组测序的分析深度。

5. DNA-pull down：鉴定与DNA结合的蛋白。

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参考文献：Bartlett, Anna et al. “Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq.” Nature protocols vol. 12,8 (2017): 1659-1672. doi:10.1038/nprot.2017.055

文案参考链接：https://blog.csdn.net/Bluescape/article/details/107198026