Rtools install

安装R包过程中出现报错

 Rtools is required to build R packages but is not currently installed 

参照这个网址，下载Rtools

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
按照默认参数安装

根据提示，在Rstudio 当前工作目录下创建一个新的txt文档编辑内容

#查找当前目录
getwd()
#获取后直接在这个目录下新建一个txt文档，任意取名，XY.txt，打开文档，粘贴下面内容
PATH="${RTOOLS40_HOME}\usr\bin;${PATH}"
#关闭保存

改名字

XY.Renviron

选择确认修改名称

重新启动Rstudio，再运行下面命令

Sys.which("make") #出现下面提示，代表运行成功
                              make 
"C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe" 

下载包前，确认packages 名称正确后，可以正常下载了

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")