monocle3 的安装

monocle2在解决细胞轨迹排布结果可读性上确实让人欢喜，但monocle2有个致命的确定，就是分析的细胞数目有限，最近在分析一个65000多个细胞时的数据量时，在order细胞的时候就报错了。第一步先把其monocle3 安装上吧。

image.png
详情见github上提出的issue:138
https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/138
monocle3的安装也是状态百出，依然出现之前安装seurat时版本不兼容的问题。不过没关系，问题总是人解决的嘛。我这里采用的R的版本是R version 3.6.1 (2019-07-05)
先根据官网的安装方法，一步一步进行操作吧。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

以上安装均在R中交互进行，也没有出现报错。
接下来交互界面安装以下包。

BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
                      'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
                      'SummarizedExperiment', 'batchelor'))

前面一些包都还比较顺利，但是batchelor这个包死活被安排成版本不兼容。

image.png
接下来，我采用conda的形式进行安装。conda安装r可以参考我之前的简书。https://www.jianshu.com/p/d90da82c4b54
安装比较顺利。
第三步，用devtools安装leidenbase和monocle3：

install.packages("devtools")
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

我的集群上从github上安装leidenbase总是显示以下报错：

我退出R后进行重试，又可以了，私以为可能是网络的问题。。。

接下来安装monocle3。
大家如果有其他需要conda下载的软件，可以去https://anaconda.org/bioconda/进行下载，输入想要的软件名称，到搜索结果界面后，选择对应的版本号进行下载。界面如下图所示：

To install this package with conda run one of the following:

conda install -c bioconda r-monocle3                                             
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

采用devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 进行安装

在安装时出现报错rgdal的报错，

查了一些方法，采用conda install gdal直接解决了，不需要root权限。但是版本号一定要是2.0.1以上，不然无法安装sf。

把这个问题解决了，在进行devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 安装。
安装的问题太多了，还好我没有放弃~
最后查看一下是否安装成功:
library(monocle)
查看版本号。
package.version(monocle)

参考：
https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/installation/
https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/15212
https://www.jianshu.com/p/e94cff521ebc