外泌体多组学22-细胞与外泌体sRNA组成不同的选择机制

细胞中的小RNA组成不同于外泌体，但选择机制尚不清楚。Koppers-Lalic等人现在证明，非随机的细胞内和细胞外microRNA的分布是由30个末端核苷酸的添加所指导的

文章信息

• 文献标题：Nontemplated Nucleotide Additions Distinguish the Small RNA Composition in Cells from Exosomes
• Doi： http://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2014.08.027
• 发表时间： September 25, 2014 Cell Reports
• 通讯作者：D. Michiel Pegtel Danijela Koppers-Lalic 外泌体研究中心，VU大学医学中心

重点

• 小的ncrna非随机分布在B细胞及其释放的外泌体中
• 3‘端腺苷化miRNA亚型在细胞中相对富集
• 3’端尿苷化miRNA亚型在外泌体中所占的比例过多
• 核苷酸的添加可能会影响细胞和外泌体中ncrna的相对丰度

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小的非编码RNA家族在B细胞和外泌体之间的分布不同

为了确定小于200nt的小RNA种类是否在外泌体中富集，我们生成了细胞和相应的外泌体小RNA文库，用于EBV驱动的lcl和B细胞淋巴瘤细胞系的测序，该方法提供了一个全面的数据集，以对细胞内和细胞外RNA库进行高功率的统计分析。

• 在所有的细胞样本中，这些miRNAs类约占小RNA池的50%。然而，在外泌体中，与其他小RNA片段相比，miRNAs的比例似乎不足（20%）
• 来自其他ncRNA类别(即tRNAs、piRNAs、RNAs、YRNAs和 vault RNAs)的RNA元件通常在外泌体中富集，尽管不同细胞类型之间的类别分布是不同的
• LCL和淋巴瘤外泌体之间最显著的区别是人类Yrna片段的极端丰富(38%)
• 为了研究YRNA片段的富集(图S2B)是否反映了全长转录本的存在，我们对进行测序的外泌体RNA进行了半定量RT-PCR。我们在外泌体中检测到高水平的全长Y RNA(即RNY1、RNY3、RNY4和RNY5)和vaultRNA1-1(图S2C)。这些数据与之前在外泌体小RNA测序研究中的观察结果一致

• 小的ncrna从宿主细胞选择性地招募到（逆转录）病毒颗粒和外泌体中，这意味着共同的分子机制可能驱动它们的包装过程

  
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3‘ 端NTAs定义了体内外miRNAs的保留或释放

低效的Drosha或dicer介导的前mirna加工产生3’末端长度变体(如截断和伸长)。其他的miRNA亚型是由核苷酸转移酶介导的转录后修饰产生的，称为非模板末端NTA。

• 对miRNA3'末端变异的全局分析显示，3'末端长度异型在细胞和外泌体之间平均分布，而有3'末端NTA的miRNA表现出差异分布
• 将单个NTA类型(即A、U、C或G)与具有NTAs的所有reads的总和进行比较，可以发现细胞组分中腺苷化miRNA亚型的富集。
• 相比之下，3'末端尿苷化的mirna在所有LCL样本的外泌体中有过多的代表

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3'端腺苷化的程度与细胞富集相一致，而3'端尿苷化界定了外泌体小RNA货物

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不同类型RNA比对率

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对每个文库中检测到的所有miRNA序列进行测序，这些miRNA序列被进一步分类为成熟（典型）和亚型序列

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详细比对结果

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