轻量基因组浏览器 | 直接在TBtools中打开一个 IGV-w
写在前面
Emmm，一天带娃，确实无法集中尽力干课题。非常零散的每次可能只有几分钟时间想事情。干不了活，干脆就瞎鼓捣。很多时候，我们想快速看看某个基因组对应注释文件等等，但是「安装和打开一个IGV」还是比较麻烦。而 IGV 官方其实一直有在开发 IGV-webapp，实际核心是一个 .js 脚本，使用简单，尽管主要是依赖一个 httpserver。绝大多数语言都会自带一个简单的 webserver，主要是方便开发测试。于是，为我们所用。
我让 chatGPT 帮忙写了一个 simple httpsever 的代码（GPT4.0），复制黏贴到 IDE，随后替换了一下相对路径获取。一个插件就搞定了，实际开发时间不到 10 min。当然后面写这个推文会花一点简单。
打包好了我就上传到 TBtools 插件商店，于是所有人都可以轻松下载。
如何使用这个插件？
使用 Simple IGV WebApp
首先是直接在 TBtools 插件商店中安装。
在网速 OK 的情况下，毫秒安装完成（因为插件很小，不到5M）
随后即可从 Plugin 处找到。
进入插件界面后，只有一个按钮，点他就可以了。很快，会弹出一个网页，于是你就进入了 IGV-WebApp
IGV-WebApp 的使用
使用 IGV-WebApp 非常简单，跟IGV没啥区别。
首先是装载基因组，这个是必须的。
注意，装载基因组的时候需要同时选中 Fasta 的index 文件 fai 文件，否则会报错。至于如何对 fasta 进行 fai index？可以直接用 TBtools 的 Fasta Extract (Recommanded) 进行基因组的 initialize 就得到了。
在选中文件的时候，同时选中 .fai 即可
随后可以看到顺利打开
从 「Tracks」装载 gff3 基因结构注释信息文件
正常装载，搞定了。
装载 BAM 文件等也类似，记得同时选择 BAM 和 .bai 文件（确实没有 .bai 文件，那么就用 TBtools 的 SAM/BAM/CRAM Sort GUI Wrapper 插件）
写在最后
完美解决一个小时候想解决的问题：如何在 TBtools 中快速进行基因组数据浏览，含高通量测序数据？尽管早前我尝试实现过一两次，但时间精力确实有限，再造一个 IGV 意义不大，故一直放弃。人类随着年龄增长，变得不再那么“莽撞”。这个有好有坏，从群体发展的角度来说，我们需要这些年轻的“莽撞”，因为这些往往会打破一片宁静；从个人发展的角度来说，我们不应该有这些行为，因为你需要与群体步伐一致，显得不那么格格不入，于是得到“安逸”。
