【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直
2022-07-08 本文已影响0人
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这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。
(Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies two epithelial tumor cell states and refines the consensus molecular classification of colorectal cancer)
我读第2遍的时候，才有点懂这篇文章的创新点，其实就是构思了一种新的分型。而且我觉得这种思路应该是可以运用到其他癌种的。
视频已同步到B站，大家可以移步B站学习(UP主：TOP菌)。
结直肠癌的CMS分型是基于bulk转录组的，很经典，不过潜在的上皮细胞多样性仍不清楚。作者整合分析了来自63个病人、189个样本、37万的单细胞数据，最终聚焦到了近5万的上皮细胞。
tumor细胞内在的亚型
随后，基于基因表达、拷贝数变异、基因调控网络等方面的差异，将肿瘤细胞分成了两组。这两种tumor细胞内在的亚型，在3,614的bulk样本中都能被验证，然后这些bulk样本被分型为iCMS2和iCMS3。
iCMS3的病人中，又进一步分成了MSI-H(微卫星不稳定)和MSS(微卫星稳定)两组，而iCMS2中基本都是MSS的。传统CMS分型中的CMS4(基质特征明显的一组，在CMS的4个组中预后差)在iCMS2和iCMS3新的分型中都能看到，被划分到CMS4 and iCMS3的患者具有最差的预后。
作者结合上皮内在亚群(I)，微卫星不稳定状态(M)、成纤维特征(F)三个方面的信息，提出了"IMF"分型，将病人一共分为了5组，每一组特点如下：
总结
文章很有借鉴意义，值得多读几遍~
