学习小组DAY3--帅炸
linux环境下的软件安装
xmind3.png下载miniconda
- 搜索miniconda 清华
- 查看服务器是多少位的: uname -a
- 安装最新版本latest
- 复制下载链接
- 登陆服务器,进入biosoft
- 使用自动补全功能
cd b Tab →cd ~/biosoft -
wget 复制的下载链接粘贴(右键)
下载conda.png
安装miniconda
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输入命令:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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版权信息按回车或是enter/yes跳过
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安装成功显示
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激活:输入source ~/.bashrc
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输入命令conda
安装成功+激活.png -
安装成功:出现满屏的信息
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添加镜像
镜像.png
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
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查看所有软件列表 conda list
查看列表.png -
搜索软件 conda search fastqc
搜索软件.png -
安装软件 conda install fastqc -y
安装软件.png -
卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载软件.png
conda环境
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查看当前环境 conda info --envs (前面带*的就是默认的)
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建立环境 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y (解释:建立名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic)
查看+建立环境.png -
创建后再次查看环境
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激活新环境 conda activate rna-seq (默认的*会转移到rna-seq前面)
查看并激活环境.png -
输入fastqc试看,出现信息表示可以使用
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退出当前环境 conda deactivate