Ancient mitogenomes unravel massive genetic diversity loss during near extinction of Alpine ibex

2021 年 11 月上传在 bioRxiv 上，通讯作者是 Christine Grossen, Institute of Evolutionary Biology and Environmental Studies, University of Zurich, Zürich, Switzerland.

阿尔卑斯野山羊（Alpine ibex, Capra ibex），十五世纪之后被人类大量捕猎，在十九世纪时一度接近灭绝。

研究者们获得了 15 份高质量线粒体基因组，它们来自约 8600 前到约 100 年前。基于现代基因组的 coalescent demography simulation 表明有效群体大小的波动在过去的一千年里与主要的气候变化相符。用古基因组，研究者发现线粒体单倍型多样性已经降低到了瓶颈事件前的 1/5，有许多高度分化的线粒体基因组支系曾经在历史上共同存在过。线粒体多样性的崩溃与人类在中世纪定居区域的扩张时间相符合。严重的瓶颈事件严重降低了线粒体多样性，恢复后，一个支系扩张，并且几乎被固定下来。与预期的相反，研究者们发现了第二种祖先线粒体支系在南边的一个较为隔离的群体中延续了下来。

Figure 2. bioRxiv 没有图注吗？？

我承认我没有一个词儿一个词儿地读，但是我没找到图注。

总之上图是对线粒体分析的主要结果。红色是古代样品、紫色是历史样品（950~1919），蓝色是现代样品。单倍型网络图中蓝色可以大致分为两个子网络，应该说的就是两种延续下来的古代线粒体支系。但是其实古代线粒体单倍型和它们都不聚在一起。

很多历史样品的多样性和现代的差的还是很远的。在一定程度上证明了过去一千年里多样性的快速丢失。

古代样品的时间跨度还是比较均匀的。但是中世纪前后没有充分的采样啊，怎么说明与中世纪人类居住区扩张有关呢？是不是 PSMC 分析揭示的。可是 PSMC 能分析的是很大的时间尺度的群体波动啊。

是整个线粒体的单倍型网络图吗？现生群体中整个线粒体就这么点变异吗？