2019-03-22学习内容

六级词汇（stage 12）：

client：n.客户，委托人  collapse:v.降低，崩溃。n.倒塌，崩溃

component：n.组成部分   consequence：n.结果，后果

construction：n.建造，建筑  contract：v.使收缩，缩小；n.合同，契约

curriculum：n.课程，pl.（复数形式）curriculums/currilua 

demonstrate：v.证明，论证，展示 exhibit：v.表现，显现，展出

faculty：n.高等院校的系，院，全系教师  giant：adj.巨大的，n.巨人，伟人，大公司，巨头

guest：n.客人    hall：n.办公大楼，本部

priority：n.优先，首要事情  proportion：n.比例，规模

pursue：v.追赶，追求 reputation：n.名誉，名声

reveal：v.揭示，显示  sociologist：n.社会学家

statement：n.声明，陈述   thrive：v.兴旺，繁荣，蓬勃发展

widely：adv.普遍地，广泛地，很大程度上  acknowledge：v.承认，致谢

additional：adj.额外的   appropriate：adj.合适的

attribute：v.把...归因于 n.属性，特征  attribute to 

brief:v.给指示，介绍情况；adj简洁的，短暂的；n.简报

characteristic:adj.特有的；n.特点

drought：n.旱灾    finance：v.资助；n.财政，金融

专业内容：

Reference-free transcriptome assembly in non-model animals from next-generation sequencing data

利用下一代测序数据对非模式动物的转录组组装

Cahais V , Melocristino J , Ranwez V , et al. Reference-free transcriptome assembly in non-model animals from next-generation sequencing data.[M]// Introduction to physiological chemistry /. J. Wiley & Sons, Inc. 2012.

However, designing genetic markers from NGS transcriptome data requires assembling gene-coding sequences out of short reads   然而，利用NGS设计基因标记需要从short reads中组装基因编码序列。

This is a complex task owing to gene duplications, genetic polymorphism, alternative splicing and transcription noise

由于基因的复制、基因多态性、可变剪切、测序噪音使其变成复杂的工作

Typical assembling programmes return thousands of predicted contigs, whose connection to the species true gene content is unclear, and from which SNP definition is uneasy

典型的拼接项目后会返回数千个预测contigs（重叠群），它们与物种真实的基因含量之间的联系是不清楚的，并且SNP定位也不太可靠。

we conclude that robust 我们的结论是    opening promising perspectives for 为...开辟了前景

a poplular target for NGS is species transcriptome, which offersdirect access to the coding sequences of many genes, plusinformation on their relative expression levels.

NGS transcriptome data are therefore a promising source of genetic markers (SNPs,sets of orthologues genes)

内含子（intron）：断裂基因的非编码序列，可被转录，但在mRNA加工过程中被剪切掉，所以成熟的mRNA上没有内含子编码序列。因为对翻译产物结构无意义，所以累计更多的突变。含有进化过程中丧失功能的基因部分。

外显子（expressed region）最终出现在成熟RNA中的基因序列，使真核生物基因的一部分，在Splicing后仍会被保留血来，并在翻译过程表达为蛋白质

validity准确性    the vast majority of...的绝大多数  is far from obvious 不显而易见

方法：

8个the urochordate Ciona intestinalisspecies B (ascidian)物种个体使野生的，取虹吸管和生殖腺组织，对于每个个体，使用标准的从两个组织提取RNA。25微升一个个体的RNA用来建立cDNA文库。这个文库使用Genome Sequencer(GS) FLX Titanium Instrument (Roche Diagnostics)进行半测序。使用Seq-man对低质量终端进行读取。

454测序：基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统，开创二代测序先河。