Animal Genetics

46 - R中进行meta分析

2022-06-15  本文已影响0人  Hello育种

来自:Luke Prendergast的报告

提纲:

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介绍:


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汇报者的观点:


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家庭作业:


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会使用2个R包,metafor和meta

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文章例子:

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R代码

读入数据


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估计效应和方差:

使用metafor

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yi是效应,vi是方差(假设不同分组的方差相同)

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forest

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使用 meta包

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图示:


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第二部分-理论

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fixed model

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增加权重:

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例子:

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问题

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固定效应:


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使用随机模型

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结果:


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两个R包的使用

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两种模型使用的tests不同

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不能正确的输出REM的分析结果,解决方法如下:

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4 错误的推断异质性

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新的方法:


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不同模型选择,会出现不同的结果:


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第五个问题-查看每个试验的贡献

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第6个问题- 使用哪一种estimator

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解决:


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测试:

![image.png](https://img.haomeiwen.com/i24959989/82d3595ab6931b54.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/](https://img.haomeiwen.com/i24959989/12fa9ba21b6ac5b9.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

第7个问题-发表文章的偏差

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参考文献:


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forest()函数

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新的软件sPLINK(https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02562-1

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