Linux010 Miniconda安装及使用

简介

• Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，可以在多个操作系统上（包括 Linux，Mac OSX 和 Windows）使用，Conda 允许用户可以从不同的 channels下载所需的软件包，用户也可以自己对 channels源进行配置。

• Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载。

• Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包，Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。

• Bioconda是专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件

Miniconda安装包下载

• 清华大学开源软件镜像站 ：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

• 检索关键词anaconda

  
  image.png

image.png

• 找到最新的Linux版本，复制地址
• 使用wget命令下载软件包

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

• 下载完成后运行

bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

• 安装完成后，会在XXX用户主目录下自动生成一个Miniconda3目录（/home/XXX/Miniconda3）
• 添加清华镜像chanel
  Anaconda 镜像使用帮助：https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge

• 运行conda -V查看版本号，确认是否安装成功

conda使用方法

usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:

positional arguments:
  command
    clean        Remove unused packages and caches.
    config       Modify configuration values in .condarc. This is modeled
                 after the git config command. Writes to the user .condarc
                 file (/home/caoqiansheng/.condarc) by default.
    create       Create a new conda environment from a list of specified
                 packages.
    help         Displays a list of available conda commands and their help
                 strings.
    info         Display information about current conda install.
    init         Initialize conda for shell interaction. [Experimental]
    install      Installs a list of packages into a specified conda
                 environment.
    list         List linked packages in a conda environment.
    package      Low-level conda package utility. (EXPERIMENTAL)
    remove       Remove a list of packages from a specified conda environment.
    uninstall    Alias for conda remove.
    run          Run an executable in a conda environment. [Experimental]
    search       Search for packages and display associated information. The
                 input is a MatchSpec, a query language for conda packages.
                 See examples below.
    update       Updates conda packages to the latest compatible version.
    upgrade      Alias for conda update.

optional arguments:
  -h, --help     Show this help message and exit.
  -V, --version  Show the conda version number and exit.

conda commands available from other packages:
  env

安装conda后取消命令行前出现的base，取消每次启动自动激活conda的基础环境

• 方法一：

# 退出base环境回到系统自动的环境
conda deactivate

• 方法二

# 永久关闭默认启动base
conda config --set auto_activate_base false
# 激活base
conda activate base
# 恢复默认启动base
conda config --set auto_activate_base true